Contrairement aux autre opus de la serie Mortal Kombat, MKM: Sub-Zero n’est pas un jeux de combat classique mais un beat them all agrémenté de phases de plate-forme et de réflexion où l’on doit se servir d’objets particuliers pour pouvoir progresser dans l’aventure. On dispose d’une jauge de vie ainsi que d’une jauge de glace pour se servir des pouvoirs cryogéniques de Sub-Zero qui se remplit avec le temps. La maniabilité est celle d’un Mortal Kombat.
L’histoire se situe avant les événements de Mortal Kombat et on suit les aventures de l’assassin du clan Lin Kuei, Sub-Zero (Bi-Han), recruté par le sorcier Quan Chi afin de voler la carte des éléments d’un temple Shaolin. En combattant les moines qui protègent cette carte, Sub-Zero rencontre son rival, Scorpion (Hanzo Hasashi) du clan des Shirai Ryu qui lui aussi a été recruté par Quan Chi. Après le combat, Sub-Zero tue Scorpion et récupère la carte. De retour au quartier général des Lin Kuei, Sub-Zero donne la carte à Quan Chi qui rembourse le Lin Kuei en éliminant tous les membres de leur clan rival le Shirai Ryu, y compris la femme et le fils de Scorpion.
Quan Chi engage ensuite Sub-Zéro pour suivre cette carte jusqu’au Temple des Éléments et récupérer une amulette protégée par les dieux du vent, de la terre, de l’eau et du feu. Quan Chi s’empare ainsi de l’amulette et révèle qu’elle contient la source du pouvoir d’un Dieu Ancien déchu nommé Shinnok. Quan Chi disparaît à travers un portail et le dieu du tonnerre Raiden blame Sub-Zero, lui ordonnant d’aller au Royaume Nether pour récupérer l’amulette. Sub-Zero y combattra le spectre de son pire ennemi, Scorpion, puis les subalternes de Quan Chi : Kia, Sareena et Jataaka avant d’atteindre la forteresse de Quan Chi.
A son retour au quartier général des Lin Kuei et après que Raiden ait récupéré l’amulette, Sub-Zero sera de nouveau engagé par un autre sorcier appelé Shang Tsung pour participer à un tournoi appelé Mortal Kombat..