Vous contrôlez une équipe de yo-kai héroïque nommée les Yo-kai Watch Blasters en référence au film Ghostbusters. Leur objectif est de faire régner la paix et la justice lors de la Terr’heure, un phénomène dans lequel les yo-kai malfaisants ainsi que les Onis règnent. Le soucis étant qu’ils ont peur des Onis et fuient lorsqu’ils doivent en affronter. Un jour, Coach Antonic, un yo-kai qui dirigera désormais notre groupe de protagonistes, surgira dans le repère des Yo-kai Watch Blasters qu’il qualifiera de "fond-de-tiroirs". Il les commandera sous l’ordre de l’association Blasters, ce qui laisse penser que d’autres équipes existent ou ont éxisté. Au fur et à mesure du jeu, les Yo-kai Blasters se lieront d’amitié avec plein de yo-kai, règleront le soucis de certains et combattront les boss les plus redoutable.