Wipeout 3: Special Edition a été lancé exclusivement en Europe le 14 juillet 2000. Il présente de nombreux changements mineurs dans le gameplay, tels que la physique des différents vaisseaux, le chargement automatique des sauvegardes, les messages de déverrouillage et les corrections de bugs. Cette édition spéciale ajoute également huit courses jouables dans les précédents Wipeout (trois de Wipeout et cinq de Wipeout 2097), ainsi que deux circuits prototypes cachés qui n’étaient auparavant disponibles que dans la version japonaise de Wipeout 3, soit un total de 22 pistes en comparaison aux 12 dans l’édition standard.

Wipeout 3 : Special Edition contient également le mode multijoueur jusqu’à quatre personnes, à l’aide de deux téléviseurs et de deux consoles PlayStation connectés au câble PlayStation Link. Wipeout 3: Special Edition était le dernier jeu de la série Wipeout pour PlayStation.