L’intrigue de Kirby’s Epic Yarn tourne en grande partie autour de la peluche mignonne de Nintendo, qui est arrachée à son monde normal par un sorcier maléfique nommé Yin-Yarn et piégée dans un monde de tissu appelé Patch Land. Tout dans ce nouveau monde, y compris l’héroïque guimauve Kirby, est fait de fil et de tissu. En conséquence, Kirby a perdu ses capacités d’inhalation et d’absorption d’énergie. Après avoir rencontré et sauvé Fluff, un prince, Kirby et son compagnon décident de travailler ensemble pour "recoudre" Patch Land à la suite de la destruction causée par Yin-Yarn.

Kirby a perdu ses pouvoirs habituels et, au lieu d’utiliser ses formidables poumons comme arme, il utilise un fouet (évidemment) en laine. Si Kirby n’avale plus ses ennemis pour leur voler leurs pouvoirs, il n’a pas ralenti le moins du monde en ce qui concerne les transformations et les pouvoirs uniques. Kirby flotte en se transformant en parachute, vole comme un OVNI, conduit comme une voiture et dispose d’un large éventail d’autres transformations, notamment une enclume, un dauphin, une taupe, un buggy des dunes, une fusée, un robot, des notes de musique, etc.