Dans Moonsweeper, votre objectif est de sauver les mineurs des lunes du quadrant stellaire Jupiter. Vous commencez votre mission dans l’espace où vous devez éviter les aurores mortelles, les torches à photons et les balles spatiales provenant du soleil de ce quadrant. De temps en temps, vous verrez une lune passer, et en volant près d’elle, vous pourrez descendre à sa surface. En balayant la surface, vous verrez des mineurs bloqués qu’il faudra secourir en les survolant. Sur la surface de la lune se trouvent également divers obstacles qu’il faut éviter ou détruire, tels que des tours et des satellites lunaires, ainsi que des destructeurs de surface extraterrestres. Si vous survivez et sauvez six mineurs, vous pouvez décoller de la surface en utilisant les anneaux d’accélération.