Le jeu commence par le rêve d’un humain apercevant sa silhouette dans une brume épaisse… Il voit alors une vision dans laquelle un Munna se fait pourchasser par un Trioxhydre. L’humain se transforme alors en un Pikachu, Vipélierre, Gruikui, Moustillon ou Coupenotte (au choix du joueur). Après transformation, il entend une étrange voix qui se mue en un cri de détresse, puis se fait brusquement lâcher dans le ciel à toute allure. Le Pokémon tombe intact au sol et fait la rencontre de son partenaire (Pikachu, Vipélierre, Gruikui, Moustillon ou Coupenotte (au choix du joueur, hormis le Pokémon de départ)). Après courte discussion, le héros lui explique qu’il est à l’origine un humain, et qu’il a été transformé en Pokémon, puis est tombé du ciel. Le Pokémon compagnon décide de le croire et se met en route vers un endroit qui le préoccupe…